Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/22:00126370 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1030175, orcid: 0000-0002-7848-8216, researcherid: H-3799-2012) Antonín Kunka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9725832) Stanislav Mazurenko (státní příslušnost: RU - Ruská federace, domácí tvůrce: A, vedidk: 1535626, orcid: 0000-0003-3659-4819) Zbyněk Prokop (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3599019, orcid: 0000-0001-9358-4081, researcherid: H-5707-2012) Jan Štourač (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2343738, orcid: 0000-0003-3139-3700, scopusid: 56079976100, researcherid: A-7068-2018) David Lacko (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The importance of the quantitative description of protein unfolding and aggregation for the rational design of stability or understanding the molecular basis of protein misfolding diseases is well established. Protein thermostability is typically assessed by calorimetric or spectroscopic techniques that monitor different complementary signals during unfolding. The CalFitter webserver has already proved integral to deriving invaluable energy parameters by global data analysis. Here, we introduce CalFitter 2.0, which newly incorporates singular value decomposition (SVD) of multi-wavelength spectral datasets into the global fitting pipeline. Processed time- or temperature-evolved SVD components can now be fitted together with other experimental data types. Moreover, deconvoluted basis spectra provide spectral fingerprints of relevant macrostates populated during unfolding, which greatly enriches the information gains of the CalFitter output. The SVD analysis is fully automated in a highly interactive module, providing access to the results to users without any prior knowledge of the underlying mathematics. Additionally, a novel data uploading wizard has been implemented to facilitate rapid and easy uploading of multiple datasets. Together, the newly introduced changes significantly improve the user experience, making this software a unique, robust, and interactive platform for the analysis of protein thermal denaturation data. The webserver is freely accessible at https://loschmidt.chemi.muni.cz/calfitter. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | FLUORESCENCE;CALORIMETRY;RESOLUTION;STATE |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://academic.oup.com/nar/article/50/W1/W145/6586862?login=true |
| DOI výsledku | 10.1093/nar/gkac378 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Nucleic acids research |
|---|---|
| ISSN | 0305-1048 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 50 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | W1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 7 |
| Strana od-do | „W145“-„W151“ |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000796682400001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85134376457 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/22:00126370!RIV23-MSM-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 28.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192479741 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077619 v dodávce dat RIV23-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216305:26230/22:PU147244 v dodávce dat RIV23-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno MZ v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077619 v dodávce dat RIV23-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF15_003/0000469 - Cetocoen Plus (2016 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF17_043/0009632 - CETOCOEN Excellence (2020 - 2023) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018121 - Výzkumná infrastruktura RECETOX (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018140 - e-Infrastruktura CZ (2020 - 2022) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |