Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/21:00120836 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Cost-effective straightforward method for captured whole mitogenome sequencing of ancient DNA |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3) |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 6 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Kristýna Brzobohatá (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6583326) Eva Drozdová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7528213) Dana Fialová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5607167) Filip Pardy (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7858493) Anna Šenovská (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6926726) Ondřej Vaculík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5114869) Petr Kos (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jaromír Šmerda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Working with mitochondrial DNA from highly degraded samples is challenging. We present a whole mitogenome Illumina-based sequencing method suitable for highly degraded samples. The method makes use of double-stranded library preparation with hybridization-based target enrichment. The aim of the study was to implement a new user-friendly method for analysing many ancient DNA samples at low cost. The method combines the Swift 2S™ Turbo library preparation kit and xGen® panel for mitogenome enrichment. Swift allows to use low input of aDNA and own adapters and primers, handles inhibitors well, and has only two purification steps. xGen is straightforward to use and is able to leverage already pooled libraries. Given the ancient DNA is more challenging to work with, the protocol was developed with several improvements, especially multiplying DNA input in case of low concentration DNA extractions followed by AMPure® beads size selection and real-time pre-capture PCR monitoring in order to avoid cycle-optimization step. Nine out of eleven analysed samples successfully retrieved mitogenomes. Hence, our method provides an effective analysis of whole mtDNA, and has proven to be fast, cost-effective, straightforward, with utilisation in population-wide research of burial sites. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Ancient DNA;Mitochondrial DNA;Mitogenome;Capture;Enrichment;Sequencing |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2020.110638 |
| DOI výsledku | 10.1016/j.forsciint.2020.110638 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Forensic Science International |
|---|---|
| ISSN | 0379-0738 |
| e-ISSN | 1872-6283 |
| Svazek periodika | 319 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | February 2021 |
| Stát vydavatele periodika | IE - Irsko |
| Počet stran výsledku | 7 |
| Strana od-do | 1-7 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000754746700004 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85097778404 |
| Způsob publikování výsledku | C - Omezený přístup (Restricted Access) |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/21:00120836!RIV22-MSM-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 27.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192408559 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno KJM v roce 2021 | RIV/48511005:_____/20:N0000024 v dodávce dat RIV21-KJM-48511005/02:1 předkladatelem Ústav archeologické památkové péče Brno, veřejná výzkumná instituce |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2015091 - Národní centrum lékařské genomiky (2016 - 2017) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |