Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/21:00119188 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2652773) Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1030175, orcid: 0000-0002-7848-8216, researcherid: H-3799-2012) Jiří Hon (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4291840) Antonín Kunka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9725832) Tomas Martinek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Martin Marusiak (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jaroslav Zendulka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 3725340) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Motivation: Poor protein solubility hinders the production of many therapeutic and industrially useful proteins. Experimental efforts to increase solubility are plagued by low success rates and often reduce biological activity. Computational prediction of protein expressibility and solubility in Escherichia coli using only sequence information could reduce the cost of experimental studies by enabling prioritization of highly soluble proteins. Results: A new tool for sequence-based prediction of soluble protein expression in E.coli, SoluProt, was created using the gradient boosting machine technique with the TargetTrack database as a training set. When evaluated against a balanced independent test set derived from the NESG database, SoluProt's accuracy of 58.5% and AUC of 0.62 exceeded those of a suite of alternative solubility prediction tools. There is also evidence that it could significantly increase the success rate of experimental protein studies. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | SOLUBILITY;WEBSERVER;TOPOLOGY;ACCURATE |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/1/23/6070085 |
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btaa1102 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Bioinformatics |
|---|---|
| ISSN | 1367-4803 |
| e-ISSN | 1460-2059 |
| Svazek periodika | 37 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 6 |
| Strana od-do | 23-28 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000649437800004 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/21:00119188!RIV22-GA0-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 02.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192339105 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216224:14310/21:00119188 v dodávce dat RIV22-MSM-14310___ |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00159816:_____/21:00075155 v dodávce dat RIV22-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216305:26230/21:PU138927 v dodávce dat RIV22-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno MZ v roce 2022 | RIV/00159816:_____/21:00075155 v dodávce dat RIV22-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF17_043/0009632 - CETOCOEN Excellence (2020 - 2023) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GJ | GJ20-15915Y - Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018140 - e-Infrastruktura CZ (2020 - 2022) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |