Zpět na hledáníDescription and comparative genomics of Macrococcus caseolyticus subsp. hominis subsp. nov., Macrococcus goetzii sp. nov., Macrococcus epidermidis sp. nov., and Macrococcus bohemicus sp. nov., novel macrococci from human clinical material with virulence potential and suspected uptake of foreign DNA by natural transformation (2018)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/18:00101757 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Description and comparative genomics of Macrococcus caseolyticus subsp. hominis subsp. nov., Macrococcus goetzii sp. nov., Macrococcus epidermidis sp. nov., and Macrococcus bohemicus sp. nov., novel macrococci from human clinical material with virulence potential and suspected uptake of foreign DNA by natural transformation |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10606 - Microbiology |
| Rok uplatnění | 2018 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 18 |
| Počet domácích tvůrců | 15 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Doškař (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3440656) Tibor Füzik (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7075219) Adéla Indráková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7017561) Vojtěch Kovařovic (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8509447) Stanislava Králová (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8210284) Lucie Krištofová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1905971) Ivana Mašlaňová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3948005, researcherid: A-3081-2014) Roman Pantůček (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5051207) Vladislava Růžičková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4186672) Ivo Sedláček (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3787672) Ondrej Šedo (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9410139, researcherid: D-9868-2012) Pavel Švec (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9384839, researcherid: B-1209-2008) Veronika Vrbovská (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3974367) Zuzana Wertheimer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5936823) Zbyněk Zdráhal (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4568567, researcherid: D-9491-2012) Petr Petráš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Peter Schumann (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Cathrin Sproer (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The genus Macrococcus is a close relative of the genus Staphylococcus. Whilst staphylococci are widespread as human pathogens, macrococci have not yet been reported from human clinical specimens. Here we investigated Gram-positive and catalase-positive cocci recovered from human clinical material and identified as Macrococcus sp. by a polyphasic taxonomic approach and by comparative genomics. Relevant phenotypic, genotypic and chemotaxonomic methods divided the analyzed strains into two separate clusters within the genus Macrococcus. Comparative genomics of four representative strains revealed enormous genome structural plasticity among the studied isolates. We hypothesize that high genomic variability is due to the presence of a com operon, which plays a key role in the natural transformation of bacilli and streptococci. The possible uptake of exogenous DNA by macrococci can contribute to a different mechanism of evolution from staphylococci, where phage-mediated horizontal gene transfer predominates. The described macrococcal genomes harbor novel plasmids, genomic islands and islets, as well as prophages. Capsule gene clusters, intracellular protease, and a fibronectin-binding protein enabling opportunistic pathogenesis were found in all four strains. Furthermore, the presence of a CRISPR-Cas system with 90 spacers in one of the sequenced genomes corresponds with the need to limit the burden of foreign DNA. The highly dynamic genomes could serve as a platform for the exchange of virulence and resistance factors, as was described for the methicillin resistance gene, which was found on the novel composite SCCmec-like element containing a unique mec gene complex that is considered to be one of the missing links in SCC evolution. The phenotypic, genotypic, chemotaxonomic and genomic results demonstrated that the analyzed strains represent one novel subspecies and three novel species of the genus Macrococcus, for which the names Macrococcus caseolyticus subsp. hominis subsp. nov. (type strain CCM 7927(T) = DSM 103682(T)), Macrococcus goetzii sp. nov. (type strain CCM 4927(T) = DSM 103683(T)), Macrococcus epidermidis sp. nov. (type strain CCM 7099(T) = DSM 103681(T)), and Macrococcus bohemicus sp. nov. (type strain CCM 7100(T) = DSM 103680(T)) are proposed. Moreover, a formal description of Macrococcus caseolyticus subsp. caseolyticus subsp. nov. and an emended description of the genus Macrococcus are provided. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Macrococcus;Gram-positive pathogens;prokaryotic transformation;methicillin resistance;Staphylococcal Cassette Chromosome (SCC);CRISPR-Cas;bacteriophage;plasmids |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01178/full |
| DOI výsledku | 10.3389/fmicb.2018.01178 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Frontiers in Microbiology |
|---|---|
| ISSN | 1664-302X |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1178 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 22 |
| Strana od-do | 1-22 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000435093200001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85048550585 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2019 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/18:00101757!RIV19-GA0-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 06.05.2019 |
| Kontrolní číslo | 192070244 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/00216224:14310/18:00101757 v dodávce dat RIV19-MSM-14310___/02:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MZ v roce 2019 | RIV/75010330:_____/18:00012184 v dodávce dat RIV19-MZ0-75010330/03:1 předkladatelem Státní zdravotní ústav, Praha |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GA18-13064S - Analýza interakcí mezi polyvalentním terapeutickým fágem druhu Twort-like a jeho hostitelem Staphylococcus aureus (2018 - 2020) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP206/12/G151 - Centrum nových přístupů k bioanalýze a molekulární diagnostice (2012 - 2018) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GP13-05069P - Horizontální přenos stafylokokové chromozomové kazety mec (SCCmec) prostřednictvím bakteriofágů napříč kmeny rodu Staphylococcus (2013 - 2016) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2015043 - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (2016 - 2017) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LQ | LQ1601 - CEITEC 2020 (2016 - 2020) |