Zpět na hledáníImplementation of Parallel Analyzes of Molecular Dynamics Simulation Trajectories (2009)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/09:00051200 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Implementation of Parallel Analyzes of Molecular Dynamics Simulation Trajectories |
| Druh | O - Ostatní výsledky, které nelze zařadit do žádného z definovaných druhů výsledků |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2009 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 4 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374) Petr Kulhánek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3466272) Navnit Kumar Mishra (státní příslušnost: IN - Indická republika, domácí tvůrce: A) Jakub Štěpán (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2583720) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Molecular dynamics is widely used method of computational chemistry. With growing size of simulated systems and length of simulations, sequential analyzes of resulting trajectories become time demanding. Thus there is a need to speed up trajectory analyzes. Recently, we have designed, implemented and tested tools for fast analyzes of long molecular simulation trajectories. Our implementation uses parallel processing of trajectories with arbitrary number of processors focused on binding free energy calculations. Moreover this approach can be easily extended to other analyzes, e.g. radius of gyration, solute/solvent contacts, etc. Developed tools were applied on the calculation of binding free energies using MM/PBSA method. Two test cases were selected:a) LgtC galactosyltransferase from Niesseria meningitidis and b) lectin PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa complexed. The 28-times acceleration on 32 processors was achieved, which shows 90 % parallel efficiency proving suitability of use |
| Klíčová slova oddělená středníkem | parallel analysis; molecular dynamics analysis; MMPB/SA |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/09:00051200!RIV12-MSM-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 07.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13003375 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LC | LC06030 - Biomolekulární centrum (2006 - 2010) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný MŠMT | MSM0021622413 - Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím (2005 - 2011) |
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |