| Identifikační kód |
RIV/00216224:14310/07:00022171 |
| Název v anglickém jazyce |
Backbone Motions of Free and Pheromone-Bound Major Urinary Protein I Studied by Molecular Dynamics Simulation |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2007 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
2 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Pavel Macek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5408814)
Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8473390)
Vladimír Sklenář (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3906884)
Lukáš Žídek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4257707) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Molecular motions of free and pheromone-bound mouse major urinary protein~I, previously investigated by NMR relaxation, were simulated in 30-ns molecular dynamics (MD) runs. The backbone flexibility was described in terms of order parameters and correlation times, commonly used in the NMR relaxation analysis. A special attention was paid to the effect of conformational changes on the nanosecond time scale. Time-dependent order parameters were determined in order to separate motions occurring on different time scales. As an alternative approach, slow conformational changes were identified from the backbone torsion angle variances and a "conformationally filtered" order parameters were calculated for well-defined conformation states. A comparison of thedata obtained for the free and pheromone-bound protein showed that some residues are more rigid in the bound form, but larger portion of the protein becomes more flexible upon the pheromone binding. This finding is in a general agreement |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Molecular dynamics; order parameter; NMR relaxation; motional analysis |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |