Zpět na hledáníCations and Hydration in Catalytic RNA: Molecular Dynamics of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme (2006)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/06:00016974 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Cations and Hydration in Catalytic RNA: Molecular Dynamics of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2006 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Maryna Krasovska (státní příslušnost: US - Spojené státy americké, domácí tvůrce: A) Kamila Réblová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9031510) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) Walter Nils (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) Jana Sevcikova (státní příslušnost: SK - Slovenská republika) Bohdan Schneider (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is an RNA enzyme from the human pathogenic HDV. Cations play a crucial role in self-cleavage of the HDV ribozyme, by promoting both folding and chemistry. Experimental studies have revealed limited but intriguingdetails on the location and structural and catalytic functions of metal ions. Here, we analyze a total of ;200 ns of explicit-solvent molecular dynamics simulations to provide a complementary atomistic view of the binding of monovalent and divalent cations as well as water molecules to reaction precursor and product forms of the HDV ribozyme. Our simulations nd that an Mg21 cation binds stably, by both inner- and outer-sphere contacts, to the electronegative catalytic pocket of the reaction precursor, in a position to potentially support chemistry. In contrast, protonation of the catalytically involved C75 in the precursor or articial placement of this Mg21 into the product structure result in its swift expulsion from the active site. T |
| Klíčová slova oddělená středníkem | molecular dynamics simulations; ribozyme; hydration; cations |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Biophysical Journal |
|---|---|
| ISSN | 0006-3495 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 91 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | - |
| Stát vydavatele periodika | CZ - Česká republika |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | 626-638 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2007 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/06:00016974!RIV07-MSM-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 24.07.2007 |
| Kontrolní číslo | 10344148 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2007 | RIV/68081707:_____/06:00040367 v dodávce dat RIV07-AV0-68081707/03:3 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2007 | RIV/68081707:_____/06:00040367 v dodávce dat RIV07-GA0-68081707/02:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2007 | RIV/68081707:_____/06:00040367 v dodávce dat RIV07-MSM-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Výzkumný záměr podporovaný MŠMT | MSM0021622413 - Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím (2005 - 2011) |
|---|