| Identifikační kód |
RIV/00216224:14310/06:00015722 |
| Název v anglickém jazyce |
RNA kink-turns as molecular elbows: Hydration, cation binding, and large-scale dynamics |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2006 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
9 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jaroslav Koča (státní příslušnost: US - Spojené státy americké, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374)
Filip Rázga (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4585623)
Kamila Réblová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9031510)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
Martin Zacharias (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The presence of Kink-turns (Kt) at key functional sites in the ribosome (e.g., A-site finger and L7/L12 stalk) suggests that some Kink-turns can confer flexibility on RNA protuberances that regulate the traversal of tRNAs during translocation. Explicit solvent molecular dynamics demonstrates that Kink-turns can act as flexible molecular elbows. Kink-turns are associated with a unique network of long-residency static and dynamical hydration sites that is intimately involved in modulating their conformational dynamics. An implicit solvent conformational search confirms the flexibility of Kink-turns around their X-ray geometries and identifies a second low-energy region with open structures that could correspond to Kink-turn geometries seen in solution experiments. An extended simulation of Kt-42 with the factor binding site (helices 43 and 44) shows that the local Kt-42 elbow-like motion fully propagates beyond the Kink-turn, and that there is no other comparably flexible site in this rR |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Kink-turn; A-minor motif; RNA flexibility; Molecular Dynamics; Ribosome function |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |