| Identifikační kód |
RIV/00216224:14310/05:00014160 |
| Název v anglickém jazyce |
Long-range Electrostatic Interactions in Molecular Dynamics: An Endothelin-1 Case Study |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2005 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
3 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Eva Fadrná (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3959880)
Klára Hladečková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3425223)
Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
An extensive conformational search in explicit solvent was performed in order to compare the influence of different long-range electrostatic interaction treatments in molecular dynamics. The short peptide endothelin-1 was selected as the subject of molecular dynamics studies that started from both X-ray and NMR obtained structures. Electrostatic interactions were treated using two of the most common methods -- residue-based cutoff and particle mesh Ewald (PME). Analyses of free energy calculations (MM-PBSA method used), secondary structure elements and hydrogen bonds were performed, and there suggested that there is no unambiguous conclusion about which of the two methods of long-range electrostatics treatment should be used in MD simulations in this case. The most reliable data was provided by a trajectory that started with the NMR structure and used the cutoff method to treat electrostatic interactions. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Molecular dynamics; electrostatic interactions; endothelin-1 |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |