Jednoduché vyhledávání

Zpět na hledáníHinge-Like Motions in RNA Kink-Turns: The Role of the Second A-minor Motif and Nominally Unpaired Bases (2005)výskyt výsledku

Identifikační kód	RIV/00216224:14310/05:00013730
Název v anglickém jazyce	Hinge-Like Motions in RNA Kink-Turns: The Role of the Second A-minor Motif and Nominally Unpaired Bases
Druh	J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost)
Poddruh	-
Jazyk	eng - angličtina
Obor - skupina	C - Chemie
Obor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Rok uplatnění	2005
Kód důvěrnosti údajů	S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů.
Počet výskytů výsledku	5
Počet tvůrců celkem	4
Počet domácích tvůrců	3
Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců	Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374) Filip Rázga (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4585623) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) Neocles B. Leontis (státní příslušnost: US - Spojené státy americké)
Popis výsledku v anglickém jazyce	Kink-turn (K-turn) motifs are asymmetric internal loops found at conserved positions in diverse RNAs, with sharp bends in phosphodiester backbones producing V-shaped structures. Explicit-solvent Molecular Dynamics simulations were carried out for three K-turns from 23S rRNA, i.e., Kt-38 located at the base of the A-site finger, Kt-42 located at the base of the L7/L12 stalk, and Kt-58 located in Domain III and for K-turn of human U4 snRNA. The simulations reveal hinge-like K-turn motions on the nanosecond timescale. The first conserved A-minor interaction between the K-turn stems is entirely stable in all simulations. The angle between the helical arms of Kt-38 and Kt-42 is regulated by local variations of the second A-minor (type I) interaction betweenthe stems. Its variability ranges from closed geometries to open ones stabilized by insertion of long-residency waters between adenine and cytosine. The simulated A-minor geometries fully agree with x-ray data.
Klíčová slova oddělená středníkem	Kink-turn; A-minor motif; RNA flexibility; Molecular Dynamics; Ribosome function
Stránka www, na které se nachází výsledek	-
Odkaz na údaje z výzkumu	-

Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku

Název periodika	Biophysical Journal
ISSN	0006-3495
e-ISSN	-
Svazek periodika	88
Číslo periodika v rámci uvedeného svazku	5
Stát vydavatele periodika	US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku	20
Strana od-do
Kód UT WoS článku podle Web of Science	-
EID výsledku v databázi Scopus	-
Způsob publikování výsledku	-
Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku	-

Ostatní informace o výsledku

Předkladatel	Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Dodavatel	MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT)
Rok sběru	2010
Specifikace	RIV/00216224:14310/05:00013730!RIV10-MSM-14310___
Datum poslední aktualizace výsledku	21.05.2010
Kontrolní číslo	11756808

Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli

Dodáno AV ČR v roce 2006	RIV/68081707:_____/05:00021193 v dodávce dat RIV06-AV0-68081707/05:4 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Dodáno GA ČR v roce 2006	RIV/68081707:_____/05:00021193 v dodávce dat RIV06-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl

Projekt podporovaný MŠMT v programu LN	LN00A016 - BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM (2000 - 2004)
Výzkumný záměr podporovaný MŠMT	MSM0021622413 - Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím (2005 - 2011)