| Identifikační kód |
RIV/00216208:11320/22:10438214 |
| Název v anglickém jazyce |
PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění |
2022 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
1 |
| Počet tvůrců celkem |
71 |
| Počet domácích tvůrců |
4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
David Hoksza (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9268421, orcid: 0000-0003-4679-0557, scopusid: 23389209600, researcherid: Q-6069-2016)
Dávid Jakubec (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2245574, orcid: 0000-0003-4288-0344, scopusid: 56595035800, researcherid: O-7570-2017)
Radoslav Krivák (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9772545, orcid: 0000-0001-7521-0844, scopusid: 56607285200, researcherid: T-3228-2017)
Petr Škoda (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9318585, orcid: 0000-0002-2732-9370, scopusid: 57193642141, researcherid: D-8810-2017) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The Protein Data Bank in Europe - Knowledge Base (PDBe-KB, https://pdbe-kb.org) is an open collaboration between world-leading specialist data resources contributing functional and biophysical annotations derived from or relevant to the Protein Data Bank (PDB). The goal of PDBe-KB is to place macromolecular structure data in their biological context by developing standardised data exchange formats and integrating functional annotations from the contributing partner resources into a knowledge graph that can provide valuable biological insights. Since we described PDBe-KB in 2019, there have been significant improvements in the variety of available annotation data sets and user functionality. Here, we provide an overview of the consortium, highlighting the addition of annotations such as predicted covalent binders, phosphorylation sites, effects of mutations on the protein structure and energetic local frustration. In addition, we describe a library of reusable web-based visualisation components and introduce new features such as a bulk download data service and a novel superposition service that generates clusters of superposed protein chains weekly for the whole PDB archive. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
database;protein structure;protein;bioinformatics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=AIQBJIGp__ |
| DOI výsledku |
10.1093/nar/gkab988 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |