Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216208:11310/21:10436441 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Predominant Biphenyl Dioxygenase From Legacy Polychlorinated Biphenyl (PCB)-Contaminated Soil Is a Part of Unusual Gene Cluster and Transforms Flavone and Flavanone |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7) |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 7 |
| Počet tvůrců celkem | 11 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Tomáš Cajthaml (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3861597, orcid: 0000-0002-3393-1333, scopusid: 6601942737, researcherid: I-1971-2014) Jaroslav Semerád (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6836254, orcid: 0000-0002-6470-183X, scopusid: 57191504275, researcherid: U-3737-2017) Jan Capek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Miluse Hradilova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Klara Michalikova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Kamila Sredlova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Michal Strejcek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jachym Suman (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Ondrej Uhlik (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiri Wald (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Andrea Zubrova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | In this study, the diversity of bphA genes was assessed in a C-13-enriched metagenome upon stable isotope probing (SIP) of microbial populations in legacy PCB-contaminated soil with C-13-biphenyl (BP). In total, 13 bphA sequence variants (SVs) were identified in the final amplicon dataset. Of these, one SV comprised 59% of all sequences, and when it was translated into a protein sequence, it exhibited 87, 77.4, and 76.7% identity to its homologs from Pseudomonas furukawaii KF707, Cupriavidus sp. WS, and Pseudomonas alcaliphila B-367, respectively. This same BphA sequence also contained unusual amino acid residues, Alanine, Valine, and Serine in region III, which had been reported to be crucial for the substrate specificity of the corresponding biphenyl dioxygenase (BPDO), and was accordingly designated BphA_AVS. The DNA locus of 18 kbp containing the BphA_AVS-coding sequence retrieved from the metagenome was comprised of 16 ORFs and was most likely borne by Paraburkholderia sp. The BPDO corresponding to bphAE_AVS was cloned and heterologously expressed in E. coli, and its substrate specificity toward PCBs and a spectrum of flavonoids was assessed. Although depleting a rather narrow spectrum of PCB congeners, the efficient transformation of flavone and flavanone was demonstrated through dihydroxylation of the B-ring of the molecules. The homology-based functional assignment of the putative proteins encoded by the rest of ORFs in the AVS region suggests their potential involvement in the transformation of aromatic compounds, such as flavonoids. In conclusion, this study contributes to the body of information on the involvement of soil-borne BPDOs in the metabolism of flavonoid compounds, and our paper provides a more advanced context for understanding the interactions between plants, microbes and anthropogenic compounds in the soil.</p> |
| Klíčová slova oddělená středníkem | functional metagenomics;polychlorinated biphenyls;flavonoids;secondary plant metabolites;biphenyl dioxygenase;aromatic ring-hydroxylating dioxygenases |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=wnGzIPhfgQ |
| DOI výsledku | 10.3389/fmicb.2021.644708 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Frontiers in Microbiology |
|---|---|
| ISSN | 1664-302X |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 12 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | October 2021 |
| Stát vydavatele periodika | CH - Švýcarská konfederace |
| Počet stran výsledku | 17 |
| Strana od-do | 644708 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000713854300001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85118234470 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/00216208:11310/21:10436441!RIV22-MSM-11310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 20.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192393381 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/61388971:_____/21:00549337 v dodávce dat RIV22-AV0-61388971 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/68378050:_____/21:00549337 v dodávce dat RIV22-AV0-68378050 předkladatelem Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/60461373:22330/21:43922218 v dodávce dat RIV22-GA0-22330___ předkladatelem Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/61388971:_____/21:00549337 v dodávce dat RIV22-MSM-61388971 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/68378050:_____/21:00549337 v dodávce dat RIV22-MSM-68378050 předkladatelem Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/60461373:22330/21:43922218 v dodávce dat RIV22-MSM-22330___ předkladatelem Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
|---|---|
| Velká výzkumná infrastruktura - VVI | 90047 - ELIXIR-CZ (2016 - 2019) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |