| Identifikační kód |
RIV/00216208:11310/18:10384669 |
| Název v anglickém jazyce |
Synthesis of 2'-deoxycytidine and its triphosphate bearing tryptophan-based imidazolinone fluorophore for environment sensitive fluorescent labelling of DNA |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10401 - Organic chemistry |
| Rok uplatnění |
2018 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
4 |
| Počet tvůrců celkem |
3 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Michal Hocek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6659160)
Miroslav Kuba (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5215625)
Radek Pohl (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
We synthesized 2'-deoxycytidine and the corresponding nucleoside triphosphate bearing (indol-3-yl) methylene-2-methyl-5-oxo-4,5-dihydroimidazol-1-yl group (a tryptophan-based fluorophore from cyan fluorescent protein) linked through a propargyl group at position 5. The fluorophore is weakly solvatochromic, sensitive to pH, and, as a molecular rotor, it is highly sensitive to viscosity. In low viscosity solvents, the fluorescence is very weak, whereas in more viscous environment it lights up. Primer extension or PCR using the modified dC(Trp)TP and KOD XL DNA polymerase was used for construction of labelled oligonucleotides and DNA. Preliminary study showed a 2-fold increase of fluorescence of labelled ON probe in presence of single strand-binding protein indicating a potential of this label for sensing of protein-DNA interactions. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
analog;probes;abasic site;structural basis;binding proteins;protein interactions;polymerase synthesis;enzymatic incorporation;nucleoside triphosphates;molecular rotors |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://doi.org/10.1016/j.tet.2018.09.061 |
| DOI výsledku |
10.1016/j.tet.2018.09.061 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |