Zpět na hledáníDissecting a Hidden Gene Duplication: The Arabidopsis thaliana SEC10 Locus (2014)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216208:11310/14:10281647 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Dissecting a Hidden Gene Duplication: The Arabidopsis thaliana SEC10 Locus |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2014 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Fatima Cvrčková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6879802) Marek Eliáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5159121) Nemanja Vukašinović (státní příslušnost: RS - Srbská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3912485) Viktor Žárský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9081186) Rex Cole (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) John E. Fowler (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) Lukas Synek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Repetitive sequences present a challenge for genome sequence assembly, and highly similar segmental duplications may disappear from assembled genome sequences. Having found a surprising lack of observable phenotypic deviations and non-Mendelian segregation in Arabidopsis thaliana mutants in SEC10, a gene encoding a core subunit of the exocyst tethering complex, we examined whether this could be explained by a hidden gene duplication. Re-sequencing and manual assembly of the Arabidopsis thaliana SEC10 (At5g12370) locus revealed that this locus, comprising a single gene in the reference genome assembly, indeed contains two paralogous genes in tandem, SEC10a and SEC10b, and that a sequence segment of 7 kb in length is missing from the reference genome sequence. Differences between the two paralogs are concentrated in non-coding regions, while the predicted protein sequences exhibit 99% identity, differing only by substitution of five amino acid residues and an indel of four residues. Both |
| Klíčová slova oddělená středníkem | subunit; families; plants; sequence; evolution; multiple alignment; exocyst complex; whole-genome; arabidopsis-thaliana; recent segmental duplications |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094077 |
| DOI výsledku | 10.1371/journal.pone.0094077 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | PLoS ONE |
|---|---|
| ISSN | 1932-6203 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 4 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 9 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000336736200036 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Karlova v Praze / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2015 |
| Specifikace | RIV/00216208:11310/14:10281647!RIV15-MSM-11310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2015 |
| Kontrolní číslo | 152059002 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2015 | RIV/00216208:11310/14:10281647 v dodávce dat RIV15-GA0-11310___/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2015 | RIV/61389030:_____/14:00429536 v dodávce dat RIV15-AV0-61389030/01:1 předkladatelem Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2015 | RIV/61389030:_____/14:00429536 v dodávce dat RIV15-GA0-61389030/01:1 předkladatelem Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2015 | RIV/61988987:17310/14:A1501CH3 v dodávce dat RIV15-MSM-17310___/01:1 předkladatelem Ostravská univerzita v Ostravě / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ME | ME10033 - Funkce komplexu exocyst v recyklaci bílkovin cytoplasmatické membrány rostlin a auxinové a brassinosteroidové signalizaci (2010 - 2012) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný MŠMT | MSM0021620858 - Signalizace a molekulární mechanismy buněčné odpovědi (2007 - 2013) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |