Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216208:11160/22:10450656 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Thermal stabilisation of the short DNA duplexes by acridine-4-carboxamide derivatives |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 30104 - Pharmacology and pharmacy |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Filip Kostelanský (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A) Radim Kučera (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8288763) Miroslav Miletín (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5758068) Veronika Nováková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2424703) Petr Zimčík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8014019) Zuzana Havlínová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Antonín Libra (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Barbora Szotáková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The short oligodeoxynucleotide (ODN) probes are suitable for good discrimination of point mutations. However, the probes suffer from low melting temperatures. In this work, the strategy of using acridine-4-carboxamide intercalators to improve thermal stabilisation is investigated. The study of large series of acridines revealed that optimal stabilisation is achieved upon decoration of acridine by secondary carboxamide carrying sterically not demanding basic function bound through a two-carbon linker. Two highly active intercalators were attached to short probes (13 or 18 bases; designed as a part of HFE gene) by click chemistry into positions 7 and/or 13 and proved to increase the melting temperate (T-m) of the duplex by almost 8 degrees C for the best combination. The acridines interact with both single- and double-stranded DNAs with substantially preferred interaction for the latter. The study of interaction suggested higher affinity of the acridines toward the GC- than AT-rich sequences. Good discrimination of two point mutations was shown in practical application with HFE gene (wild type, H63D C > G and S65C A > C mutations). Acridine itself can also serve as a fluorophore and also allows discrimination of the fully matched sequences from those with point mutations in probes labelled only with acridine. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | acridine-4-carboxamide;duplexes;DNA;thermal stabilisation |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=mMsMnfQTT3 |
| DOI výsledku | 10.1093/nar/gkac777 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Nucleic Acids Research |
|---|---|
| ISSN | 0305-1048 |
| e-ISSN | 1362-4962 |
| Svazek periodika | 50 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 18 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 18 |
| Strana od-do | 10212-10229 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000859180200001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Hodnocení vybraného výsledku
| Období hodnocení | H23 |
|---|---|
| Finální známka | 2 |
| Modul dle Metodiky 17+ | 1 |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Karlova / Farmaceutická fakulta v Hradci Králové |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/00216208:11160/22:10450656!RIV23-MSM-11160___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 22.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192466252 ( v1.0 ) |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF16_019/0000841 - Zvýšení účinnosti a bezpečnosti léčiv a nutraceutik: moderní metody - nové výzvy (2018 - 2022) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |