Zpět na hledáníComparative whole-genome transcriptome analysis in renal cell populations reveals high tissue specificity of MAPK/ERK targets in embryonic kidney (2022)výskyt výsledku
Identifikační kód | RIV/00216208:11160/22:10449934 |
---|---|
Název v anglickém jazyce | Comparative whole-genome transcriptome analysis in renal cell populations reveals high tissue specificity of MAPK/ERK targets in embryonic kidney |
Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
Jazyk | eng - angličtina |
Vědní obor | 30104 - Pharmacology and pharmacy |
Rok uplatnění | 2022 |
Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
Počet výskytů výsledku | 1 |
Počet tvůrců celkem | 14 |
Počet domácích tvůrců | 2 |
Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Martin Ambrož (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5198062) Iva Boušová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1405764) Imrul Faisal (státní příslušnost: FI - Finská republika) Vladislav Iaroshenko (státní příslušnost: FI - Finská republika) Anneliis Ihermann-Hella (státní příslušnost: FI - Finská republika) Xing Jin (státní příslušnost: KR - Korejská republika) Jussi Kupari (státní příslušnost: SE - Švédské království) Kristen Kurtzeborn (státní příslušnost: FI - Finská republika) Satu Kuure (státní příslušnost: FI - Finská republika) Hyuk Nam Kwon (státní příslušnost: FI - Finská republika) Sunghyouk Park (státní příslušnost: KR - Korejská republika) Talha Qureshi (státní příslušnost: FI - Finská republika) Henna Tyynismaa (státní příslušnost: FI - Finská republika) Juho Väänänen (státní příslušnost: FI - Finská republika) |
Popis výsledku v anglickém jazyce | Background: MAPK/ERK signaling is a well-known mediator of extracellular stimuli controlling intracellular responses to growth factors and mechanical cues. The critical requirement of MAPK/ERK signaling for embryonic stem cell maintenance is demonstrated, but specific functions in progenitor regulation during embryonic development, and in particular kidney development remain largely unexplored. We previously demonstrated MAPK/ERK signaling as a key regulator of kidney growth through branching morphogenesis and normal nephrogenesis where it also regulates progenitor expansion. Here, we performed RNA sequencing-based whole-genome expression analysis to identify transcriptional MAPK/ERK targets in two distinct renal populations: the ureteric bud epithelium and the nephron progenitors. Results: Our analysis revealed a large number (5053) of differentially expressed genes (DEGs) in nephron progenitors and significantly less (1004) in ureteric bud epithelium, reflecting likely heterogenicity of cell types. The data analysis identified high tissue-specificity, as only a fraction (362) of MAPK/ERK targets are shared between the two tissues. Tissue-specific MAPK/ERK targets participate in the regulation of mitochondrial energy metabolism in nephron progenitors, which fail to maintain normal mitochondria numbers in the MAPK/ERK-deficient tissue. In the ureteric bud epithelium, a dramatic decline in progenitor-specific gene expression was detected with a simultaneous increase in differentiation-associated genes, which was not observed in nephron progenitors. Our experiments in the genetic model of MAPK/ERK deficiency provide evidence that MAPK/ERK signaling in the ureteric bud maintains epithelial cells in an undifferentiated state. Interestingly, the transcriptional targets shared between the two tissues studied are over-represented by histone genes, suggesting that MAPK/ERK signaling regulates cell cycle progression and stem cell maintenance through chromosome condensation and nucleosome assembly. Conclusions: Using tissue-specific MAPK/ERK inactivation and RNA sequencing in combination with experimentation in embryonic kidneys, we demonstrate here that MAPK/ERK signaling maintains ureteric bud tip cells, suggesting a regulatory role in collecting duct progenitors. We additionally deliver new mechanistic information on how MAPK/ERK signaling regulates progenitor maintenance through its effects on chromatin accessibility and energy metabolism. |
Klíčová slova oddělená středníkem | beta-catenin;sonic hedgehog;ERK/MAPK pathway;histone acetylation;epithelial conversion;gene-expression;self-renewal;branching morphogenesis;ERK1/2 MAP kinases;enteric nervous-system |
Stránka www, na které se nachází výsledek | https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=bbc93wSkJL |
DOI výsledku | 10.1186/s12915-022-01309-z |
Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
Název periodika | BMC Biology |
---|---|
ISSN | 1741-7007 |
e-ISSN | - |
Svazek periodika | 20 |
Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
Počet stran výsledku | 22 |
Strana od-do | 112 |
Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000795064900001 |
EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85129980486 |
Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
Předkladatel | Univerzita Karlova / Farmaceutická fakulta v Hradci Králové |
---|---|
Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
Rok sběru | 2023 |
Specifikace | RIV/00216208:11160/22:10449934!RIV23-MSM-11160___ |
Datum poslední aktualizace výsledku | 22.05.2023 |
Kontrolní číslo | 192466212 ( v1.0 ) |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
---|