Zpět na hledáníIFI16 Preferentially Binds to DNA with Quadruplex Structure and Enhances DNA Quadruplex Formation (2016)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00209805:_____/16:N0000037 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | IFI16 Preferentially Binds to DNA with Quadruplex Structure and Enhances DNA Quadruplex Formation |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2016 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Petra Dvořáková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9606025) Petr Müller (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5395488) Bořivoj Vojtěšek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9637419) Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jan Coufal (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Lucia Hároníková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Eva B. Jagelská (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Iva Kejnovská (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Interferon-inducible protein 16 (IFI16) is a member of the HIN-200 protein family, containing two HIN domains and one PYRIN domain. IFI16 acts as a sensor of viral and bacterial DNA and is important for innate immune responses. IFI16 binds DNA and binding has been described to be DNA length-dependent, but a preference for supercoiled DNA has also been demonstrated. Here we report a specific preference of IFI16 for binding to quadruplex DNA compared to other DNA structures. IFI16 binds to quadruplex DNA with significantly higher affinity than to the same sequence in double stranded DNA. By circular dichroism (CD) spectroscopy we also demonstrated the ability of IFI16 to stabilize quadruplex structures with quadruplex-forming oligonucleotides derived from human telomere (HTEL) sequences and the MYC promotor. A novel H/D exchange mass spectrometry approach was developed to assess protein interactions with quadruplex DNA. Quadruplex DNA changed the IFI16 deuteration profile in parts of the PYRIN domain (aa 0–80) and in structurally identical parts of both HIN domains (aa 271–302 and aa 586–617) compared to single stranded or double stranded DNAs, supporting the preferential affinity of IFI16 for structured DNA. Our results reveal the importance of quadruplex DNA structure in IFI16 binding and improve our understanding of how IFI16 senses DNA. IFI16 selectivity for quadruplex structure provides a mechanistic framework for IFI16 in immunity and cellular processes including DNA damage responses and cell proliferation. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | circular-dichroism spectroscopy;G-quadruplex;c-Myc;nucleic acid;promoter region;gene |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4900677/ |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0157156 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | PLoS One |
|---|---|
| ISSN | 1932-6203 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 11 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 6 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 19 |
| Strana od-do | e0157156 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000377563000097 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykův onkologický ústav |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2017 |
| Specifikace | RIV/00209805:_____/16:N0000037!RIV17-GA0-00209805 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 11.05.2017 |
| Kontrolní číslo | 191881881 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MZ v roce 2017 | RIV/00209805:_____/16:N0000037 v dodávce dat RIV17-MZ0-00209805/05:1 |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2017 | RIV/00209805:_____/16:N0000037 v dodávce dat RIV17-MSM-00209805/02:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2017 | RIV/68081707:_____/16:00462078 v dodávce dat RIV17-AV0-68081707/01:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2017 | RIV/68081707:_____/16:00462078 v dodávce dat RIV17-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2020 | RIV/00216224:14310/16:00107876 v dodávce dat RIV20-GA0-14310___/01:5 předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP206/12/G151 - Centrum nových přístupů k bioanalýze a molekulární diagnostice (2012 - 2018) |
|---|