| Identifikační kód |
RIV/00209805:_____/16:N0000006 |
| Název v anglickém jazyce |
Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify 5 protein-interaction consensus motifs in large datasets. |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
E - Biovědy |
| Obor |
EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění |
2016 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Adam Krejčí (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9913858)
Petr Müller (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5395488)
Bořivoj Vojtěšek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9637419)
Theodore Robert Hupp (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska)
Matěj Lexa (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Proteins often recognize their interaction partners on the basis of short linear motifs located in disordered regions on proteins’ surface. Experimental techniques that study such motifs use short peptides to mimic the structural properties of interacting proteins. Continued development of these methods allows for large-scale screening, resulting in vast amounts of peptide sequences, potentially containing information on multiple protein-protein interactions. Processing of such datasets is a complex but essential task for large-scale studies investigating protein-protein interactions. The software tool presented in this article is able to rapidly identify multiple clusters of sequences carrying shared specificity motifs in massive datasets from various sources and generace multiple sequence alignments of identified clusters. The method was applied on a previously Publisher smaller dataset containing distinct classes of ligands for SH3 domains, as well as on a new, an order of magnitude larger dataset containing epitopes for several monoclonal antibodies. The software successfully identified clusters of sequences mimicking epitopes of antibody targets, as well as secondary clusters revealing that the antibodies accept some deviations from original epitope sequences. Another test indicates that processing of even much larger datasets is computationally feasible. Availability and implementation: Hammock is published under GNU GPL v. 3 license and is freely available as a standalone program (from http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/) or as a tool for the Galaxy toolbox (from https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/hammock/hammock). The source code can be downloaded from https://github.com/hammock-dev/hammock/releases. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Prediction;Libraries;Epitopes;Platform |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4681989/ |
| DOI výsledku |
10.1093/bioinformatics/btv522 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |