Jednoduché vyhledávání

Zpět na hledáníHigh-throughput analysis revealed mutations’ diverging effects on SMN1 exon 7 splicing (2019)výskyt výsledku - H20 - modul 1

Identifikační kód	RIV/00209775:_____/19:N0000022
Název v anglickém jazyce	High-throughput analysis revealed mutations’ diverging effects on SMN1 exon 7 splicing
Druh	J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost)
Poddruh	J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp)
Jazyk	eng - angličtina
Vědní obor	10608 - Biochemistry and molecular biology
Rok uplatnění	2019
Kód důvěrnosti údajů	S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů.
Počet výskytů výsledku	4
Počet tvůrců celkem	10
Počet domácích tvůrců	6
Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců	Tomáš Freiberger (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1271326, orcid: 0000-0001-6532-7053) Lucie Grodecká (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3898636, orcid: 0000-0002-4979-0352) Tereza Grymová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9755168, orcid: 0000-0002-9869-800X) Pavla Hujová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1901060, orcid: 0000-0002-9692-8967) Michal Kramárek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1451014) Přemysl Souček (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2797607, orcid: 0000-0002-9985-2531) Tatiana Kováčová (státní příslušnost: SK - Slovenská republika) Matej Lexa (státní příslušnost: SK - Slovenská republika) Lenka Radová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Kamila Réblová (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Popis výsledku v anglickém jazyce	Splicing-affecting mutations can disrupt gene function by altering the transcript assembly. To ascertain splicing dysregulation principles, we modified a minigene assay for the parallel high-throughput evaluation of different mutations by next-generation sequencing. In our model system, all exonic and six intronic positions of the SMN1 gene’s exon 7 were mutated to all possible nucleotide variants, which amounted to 180 unique single-nucleotide mutants and 470 double mutants. The mutations resulted in a wide range of splicing aberrations. Exonic splicing-affecting mutations resulted either in substantial exon skipping, supposedly driven by predicted exonic splicing silencer or cryptic donor splice site (5′ss) and de novo 5′ss strengthening and use. On the other hand, a single disruption of exonic splicing enhancer was not sufficient to cause major exon skipping, suggesting these elements can be substituted during exon recognition. While disrupting the acceptor splice site led only to exon skipping, some 5′ss mutations potentiated the use of three different cryptic 5′ss. Generally, single mutations supporting cryptic 5′ss use displayed better pre-mRNA/U1 snRNA duplex stability and increased splicing regulatory element strength across the original 5′ss. Analyzing double mutants supported the predominating splicing regulatory elements’ effect, but U1 snRNA binding could contribute to the global balance of splicing isoforms. Based on these findings, we suggest that creating a new splicing enhancer across the mutated 5′ss can be one of the main factors driving cryptic 5′ss use.
Klíčová slova oddělená středníkem	SMN1;cryptic splice sites;U1 snRNA;splicing-affecting mutation;5′ss
Stránka www, na které se nachází výsledek	https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15476286.2019.1630796?scroll=top&needAccess=true
DOI výsledku	10.1080/15476286.2019.1630796
Odkaz na údaje z výzkumu	-

Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku

Název periodika	RNA Biology
ISSN	1547-6286
e-ISSN	-
Svazek periodika	16
Číslo periodika v rámci uvedeného svazku	10
Stát vydavatele periodika	US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku	13
Strana od-do	1364-1376
Kód UT WoS článku podle Web of Science	000472379600001
EID výsledku v databázi Scopus	2-s2.0-85067683899
Způsob publikování výsledku	C - Omezený přístup (Restricted Access)
Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku	-

Hodnocení vybraného výsledku

Období hodnocení	H20
Finální známka	2
Modul dle Metodiky 17+	1

Ostatní informace o výsledku

Předkladatel	Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie
Dodavatel	MZ0 - Ministerstvo zdravotnictví (MZ)
Rok sběru	2020
Specifikace	RIV/00209775:_____/19:N0000022!RIV20-MZ0-00209775
Datum poslední aktualizace výsledku	14.05.2020
Kontrolní číslo	192191522 ( v1.0 )

Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli

Dodáno GA ČR v roce 2020	RIV/00216224:14740/19:00107593 v dodávce dat RIV20-GA0-14740___/01:2 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Dodáno MŠMT v roce 2020	RIV/00216224:14740/19:00107593 v dodávce dat RIV20-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Dodáno MZ v roce 2020	RIV/00216224:14740/19:00107593 v dodávce dat RIV20-MZ0-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl

Projekt podporovaný GA ČR v programu GA	GA16-11619S - Základní vlastnosti DNA mutačních coldspotů/hotspotů v genech asociovaných s dědičnými chorobami (2016 - 2018)
Projekt podporovaný MŠMT v programu LM	LM2015042 - E-infrastruktura CESNET (2016 - 2017)
Projekt podporovaný MŠMT v programu LM	LM2015085 - CERIT Scientific Cloud (2016 - 2017)
Projekt podporovaný MŠMT v programu LM	LM2015091 - Národní centrum lékařské genomiky (2016 - 2017)
Projekt podporovaný MZ v programu NV	NV16-34414A - Určení genových oblastí náchylných ke vzniku mutací ovlivňujících sestřih mRNA (2016 - 2019)
Velká výzkumná infrastruktura - VVI	90042 - CESNET II (2016 - 2019)
Velká výzkumná infrastruktura - VVI	90085 - CERIT-SC (2016 - 2019)
Velká výzkumná infrastruktura - VVI	90091 - NCMG (2016 - 2019)