Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00159816:_____/22:00078809 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2652773, orcid: 0000-0002-6803-0340) Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1030175, orcid: 0000-0002-7848-8216) Marie Hamšíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8246844) Stanislav Mazurenko (státní příslušnost: RU - Ruská federace, domácí tvůrce: A, vedidk: 1535626) Jan Štourač (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2343738, orcid: 0000-0003-3139-3700) Milos Musil (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jan Velecky (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein solubility is an attractive engineering target primarily due to its relation to yields in protein production and manufacturing. Moreover, better knowledge of the mutational effects on protein solubility could connect several serious human diseases with protein aggregation. However, we have limited understanding of the protein structural determinants of solubility, and the available data have mostly been scattered in the literature. Here, we present SoluProtMut(DB) - the first database containing data on protein solubility changes upon mutations. Our database accommodates 33000 measurements of 17000 protein variants in 103 different proteins. The database can serve as an essential source of information for the researchers designing improved protein variants or those developing machine learning tools to predict the effects of mutations on solubility. The database comprises all the previously published solubility datasets and thousands of new data points from recent publications, including deep mutational scanning experiments. Moreover, it features many available experimental conditions known to affect protein solubility. The datasets have been manually curated with substantial corrections, improving suitability for machine learning applications. The database is available at loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb. (C) 2022 The Author(s). Published by Elsevier B.V. on behalf of Research Network of Computational and Structural Biotechnology. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/). |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Protein aggregation;Machine learning;Protein yield;Soluble expression;Protein engineering;Mutational database |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005025?via%3Dihub |
| DOI výsledku | 10.1016/j.csbj.2022.11.009 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computational and Structural Biotechnology Journal |
|---|---|
| ISSN | 2001-0370 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 20 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 2022 |
| Stát vydavatele periodika | SE - Švédské království |
| Počet stran výsledku | 9 |
| Strana od-do | 6339-6347 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 001043880900004 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
|---|---|
| Dodavatel | MZ0 - Ministerstvo zdravotnictví (MZ) |
| Rok sběru | 2024 |
| Specifikace | RIV/00159816:_____/22:00078809!RIV24-MZ0-00159816 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 26.04.2024 |
| Kontrolní číslo | 192510475 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00159816:_____/22:00078809 v dodávce dat RIV24-MSM-00159816 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216305:26230/22:PU146770 v dodávce dat RIV23-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-GA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno TA ČR v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-TA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MZ v programu EF | EF16_026/0008451 - Inženýrství nových biomateriálů a biofarmak pro diagnózu a léčbu cerebrovaskulárních a neurodegenerativních onemocnění (2018 - 2022) |
|---|---|
| Velká výzkumná infrastruktura - VVI | 90121 - RECETOX RI (2020 - 2022) |