Zpět na hledáníEvaluation of immunolabeling at electron microscopic level – introduction of a new online software tool (2021)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68378050:_____/21:00555835 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Evaluation of immunolabeling at electron microscopic level – introduction of a new online software tool |
| Druh | O - Ostatní výsledky, které nelze zařadit do žádného z definovaných druhů výsledků |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10601 - Cell biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Vlada Filimonenko (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2939711, researcherid: G-3522-2014) Pavel Hozák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9671706, researcherid: J-4182-2014) Dominik Pinkas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3222110) Helena Raabová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4200624) Erik Vlčák (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A) J. Janáček (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Evaluation of immunolabelling in electron microscopy still often lacks unbiased quantitative approach.We have developed an easy-to-use online tool for semi-automatic multi-stage analysis of immunolabeling on EM images spanning particle detection and classification, mathematical and statistical evaluation and visualization of results. This builds on algorithms from previous work of A. Philimonenko et al. [1], C. Schofer et al. [2], and L. Pastorek et al. [3]. The tool detects gold nanoparticles of defined size automatically, results of detection and identification can be manually reviewed and edited. Spatial relations can be analyzed in 2D and 3D microscopic data and along linear structures such as membranes and filaments. The tool uses pair correlation and pair cross-correlation functions for clustering and colocalization evaluation with results presented both numerically and graphically. Labelled structures are visualized vianmapping. Statistical significance of detected patterns is calculated and presented in a comprehensive way without the need for deep insight into statistical analysis. All results and respective settings can be exported. Projects can be shared with colleagues. The tool has been released at the end of the year 2020. It is available to the broad scientific community in open access mode by the IMG within the Czech-BioImaging research infrastructure. The tool emphasizes convenience and understandability of the interface. The platform is modular and can be expanded with more capabilities in the future. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | electron mcirosopy;immunolabeling;statistical evaluation;online software tool |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/68378050:_____/21:00555835!RIV22-AV0-68378050 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 02.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192350628 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno TA ČR v roce 2022 | RIV/68378050:_____/21:00555835 v dodávce dat RIV22-TA0-68378050 |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/68378050:_____/21:00555835 v dodávce dat RIV22-MSM-68378050 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Velká výzkumná infrastruktura - VVI | 90129 - Czech-BioImaging II (2020 - 2022) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |