Zpět na hledáníStacked and H-Bonded Cytosine Dimers. Analysis of the Intermolecular Interaction Energies by Parallel Quantum Chemistry and Polarizable Molecular Mechanics. (2015)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/15:00447644 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Stacked and H-Bonded Cytosine Dimers. Analysis of the Intermolecular Interaction Energies by Parallel Quantum Chemistry and Polarizable Molecular Mechanics. |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2015 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Konstantinos Gkionis (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9170529) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) Judit E. Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5279909) B. de Courcy (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) M. Devereux (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace) N. Gresh (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) J. P. Piquemal (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Until now, atomistic simulations of DNA and RNA and their complexes have been executed using well calibrated but conceptually simple pair-additive empirical potentials (force fields). Although such simulations Provided Many valuable results, it is well established that simple force fields also introduce errors into the description, underlying the need for development of alternative anisotropic, polarizable molecular mechanics (APMM) potentials. One of the most abundant forces in all kinds of nucleic acids topologies is base stacking. Intra- and interstrand stacking is assumed to be the most essential factor affecting local conformational variations of B-DNA. However, stacking also contributes to formation of all kinds of noncanonical nucleic acids structures, such as quadruplexes or folded RNAs. The present study focuses on 14 stacked cytosine (Cyt) dimers and the doubly H-bonded dimer. We evaluate the extent to which an APMM procedure, SIBFA, could account quantitatively for the resul |
| Klíčová slova oddělená středníkem | DENSITY-FUNCTIONAL THEORY; DISTRIBUTED MULTIPOLE ANALYSIS; PERTURBATION-THEORY APPROACH |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/acs.jpcb.5b01695 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry B |
|---|---|
| ISSN | 1520-6106 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 119 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 30 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 19 |
| Strana od-do | 9477-9495 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000359031400002 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2016 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/15:00447644!RIV16-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 11.05.2016 |
| Kontrolní číslo | 191706683 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2016 | RIV/68081707:_____/15:00447644 v dodávce dat RIV16-GA0-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2016 | RIV/00216224:14740/15:00083968 v dodávce dat RIV16-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|