| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/15:00442423 |
| Název v anglickém jazyce |
The role of an active site Mg2+ in HDV ribozyme self-cleavage: insights from QM/MM calculations |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2015 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
5 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220)
Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
V. Mlýnský (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Nils G. Walter (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is a catalytic RNA motif embedded in the human pathogenic HDV RNA. It catalyzes self-cleavage of its sugar-phosphate backbone with direct participation of the active site cytosine C75. Biochemical and structural data support a general acid role of C75. Here, we used hybrid quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) calculations to probe the reaction mechanism and changes in Gibbs energy along the ribozyme's reaction pathway with an N3-protonated C75H(+) in the active site, which acts as the general acid, and a partially hydrated Mg2+ ion with one deprotonated, inner-shell coordinated water molecule that acts as the general base. We followed eight reaction paths with a distinct position and coordination of the catalytically important active site Mg2+ ion. For six of them, we observed feasible activation barriers ranging from 14.2 to 21.9 kcal mol(-1), indicating that the specific position of the Mg2+ ion in the active site is predicted to st |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
HEPATITIS-DELTA-VIRUS; MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; 2'-HYDROXYL GROUP |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1039/c4cp03857f |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |