| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/14:00427956 |
| Název v anglickém jazyce |
Ion Binding to Quadruplex DNA Stems. Comparison of MM and QM Descriptions Reveals Sizable Polarization Effects Not Included in Contemporary Simulations |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2014 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
6 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Arnošt Mládek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9739807)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
K. Gkionis (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
J. Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
H. Kruse (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
J. A. Platts (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Molecular mechanical (MM) force fields are commonly employed for biomolecular simulations. Despite their success, the nonpolarizable nature of contemporary additive force fields limits their performance, especially in long simulations and when strong polarization effects are present. Guanine quadruplex D(R)NA molecules have been successfully studied by MM simulations in the past. However, the G-stems are stabilized by a chain of monovalent cations that create sizable polarization effects. Indeed, simulation studies revealed several problems that have been tentatively attributed to the lack of polarization. Here, we provide a detailed comparison between quantum chemical (QM) DFT-D3 and MM potential energy surfaces of ion binding to G-stems and assess differences that may affect MM simulations. We suggest that MM describes binding of a single ion to the G-stem rather well. However, polarization effects become very significant when a second ion is present. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; GAUSSIAN-BASIS SETS; TETRAMOLECULAR G-QUADRUPLEXES |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1021/ct4009969 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |