Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/67985939:_____/21:00545471 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Relative performance of customized and universal probe sets in target enrichment: a case study in subtribe Malinae |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10611 - Plant sciences, botany |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Soňa Píšová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2775972, orcid: 0000-0002-9197-3961) Roswitha Schmickl (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo, domácí tvůrce: A, researcherid: H-1624-2014) Vojtěch Zeisek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8524440, orcid: 0000-0003-3481-9367, researcherid: C-1240-2009) W. J. Baker (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) C. Dobeš (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) T. Fér (státní příslušnost: CZ - Česká republika) R. Ufimov (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) M. van Loo (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Custom probe design for target enrichment in phylogenetics is tedious and often hinders broader phylogenetic synthesis. The universal angiosperm probe set Angiosperms353 may be the solution. Here, we test the relative performance of Angiosperms353 on the Rosaceae subtribe Malinae in comparison with custom probes that we specifically designed for this clade. We then address the impact of bioinformatically altering the performance of Angiosperms353 by replacing the original probe sequences with orthologs extracted from the Malus domestica genome. Locus recovery was highest for our custom Malinae probe set, and replacing the original Angiosperms353 sequences with a Malus representative improved the locus recovery relative to Angiosperms353. The proportion of parsimony-informative sites was similar between all probe sets, while the gene tree discordance was lower in the case of the custom probes. A custom probe set benefits from data completeness and can be tailored toward the specificities of the project of choice, however, Angiosperms353 was equally as phylogenetically informative as the custom probes. We therefore recommend using both a custom probe set and Angiosperms353 to facilitate large-scale systematic studies, where financially possible. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Anginosperms353;customized probe set;universal probe set;target enrichment |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://doi.org/10.1002/aps3.11442 |
| DOI výsledku | 10.1002/aps3.11442 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Applications in Plant Sciences |
|---|---|
| ISSN | 2168-0450 |
| e-ISSN | 2168-0450 |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 7 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 22 |
| Strana od-do | e11442 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000676110800001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85108886737 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Botanický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/67985939:_____/21:00545471!RIV22-AV0-67985939 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 02.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192347751 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/67985939:_____/21:00545471 v dodávce dat RIV22-GA0-67985939 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216208:11310/21:10441377 v dodávce dat RIV22-MSM-11310___ předkladatelem Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Velká výzkumná infrastruktura - VVI | 90140 - e-INFRA CZ (2020 - 2022) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |