| Identifikační kód |
RIV/61388963:_____/22:00553763 |
| Název v anglickém jazyce |
Unlocking the Hydrolytic Mechanism of GH92 α-1,2-Mannosidases: Computation Inspires the use of C-Glycosides as Michaelis Complex Mimics |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10403 - Physical chemistry |
| Rok uplatnění |
2022 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
2 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jakub Kaminský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8227322, orcid: 0000-0001-6347-3022, researcherid: G-5672-2014)
Radek Pohl (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3603652, orcid: 0000-0001-7898-946X, researcherid: G-5295-2014)
S. Alonso-Gil (státní příslušnost: AT - Rakouská republika)
T. Miyazaki (státní příslušnost: JP - Japonsko)
K. Parkan (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The conformational changes in a sugar moiety along the hydrolytic pathway are key to understand the mechanism of glycoside hydrolases (GHs) and to design new inhibitors. The two predominant itineraries for mannosidases go via S-O(2)-> B-2,B-5> S-1(5) and S-3(1)-> H-3(4)-> C-1(4). For the CAZy family 92, the conformational itinerary was unknown. Published complexes of Bacteroides thetaiotaomicron GH92 catalyst with a S-glycoside and mannoimidazole indicate a C-4(1)-> H-4(5)/S-1(5)-> S-1(5) mechanism. However, as observed with the GH125 family, S-glycosides may not act always as good mimics of GH's natural substrate. Here we present a cooperative study between computations and experiments where our results predict the E-5> B-2,B-5/S-1(5)-> S-1(5) pathway for GH92 enzymes. Furthermore, we demonstrate the Michaelis complex mimicry of a new kind of C-disaccharides, whose biochemical applicability was still a chimera. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
carbohydrates;conformations;enzymology;inhibitors;quantum mechanics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://doi.org/10.1002/chem.202200148 |
| DOI výsledku |
10.1002/chem.202200148 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
http://doi.org/10.2210/pdb7FE1/pdb |