Zpět na hledáníQuantum Mechanical Scoring: Structural and Energetic Insights into Cyclin-Dependent Kinase 2 Inhibition by Pyrazolo[1,5-a]pyrimidines (2013)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61388963:_____/13:00394206 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Quantum Mechanical Scoring: Structural and Energetic Insights into Cyclin-Dependent Kinase 2 Inhibition by Pyrazolo[1,5-a]pyrimidines |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2013 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 7 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pathik Brahmkshatriya (státní příslušnost: IN - Indická republika, domácí tvůrce: A) Jindřich Fanfrlík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3849147) Pavel Hobza (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2932016) Martin Lepšík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5796644) Jan Řezáč (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5993768) A. Bronowska (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) P. Dobeš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) K. Paruch (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | A quantum mechanics (QM)-based scoring function has been applied to complexes of cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) and thirty-one pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-based inhibitors and their bioisosteres. A hybrid three-layer QM/MM setup (DFT-D/PM6-D3H4X/AMBER ingeneralized Born solvent) was used here for the first time as an extension of our previous full QM and SQM/MM (SQM means semiempirical QM) approaches. Two approaches to obtain the structures of the CDK2/inhibitor complexes were examined: i) building themodifications from one X-ray structure available coupled with a conformational search and ii) docking the compounds into CDK2. The QM-based scoring entailed a QM/SQM/MM optimization followed by calculations of the binding scores which were subsequentlycorrelated with the experimental binding free energies. The correlation for the building protocol was good (r(2) = 0.64, predictive index = 0.81), whereas the docking approach failed. A decomposition of the interaction energies to ligand |
| Klíčová slova oddělená středníkem | binding affinity; cyclin-dependent kinase 2; QM/SQM/MM; PM6; pyrazolo[1,5-a]pyrimidine; semiempirical quantum mechanics; scoring function |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Current Computer-Aided Drug Design |
|---|---|
| ISSN | 1573-4099 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | NL - Nizozemsko |
| Počet stran výsledku | 12 |
| Strana od-do | 118-129 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000320373600011 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2014 |
| Specifikace | RIV/61388963:_____/13:00394206!RIV14-AV0-61388963 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 06.05.2014 |
| Kontrolní číslo | 56512057 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2014 | RIV/61388963:_____/13:00394206 v dodávce dat RIV14-GA0-61388963/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2014 | RIV/61989592:15310/13:33147917 v dodávce dat RIV14-GA0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/00159816:_____/13:00060664 v dodávce dat RIV14-MSM-00159816/01:1 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/00216224:14310/13:00067855 v dodávce dat RIV14-MSM-14310___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/61989592:15310/13:33147917 v dodávce dat RIV14-MSM-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MZ v roce 2014 | RIV/00209805:_____/13:#0000438 v dodávce dat RIV14-MZ0-00209805/01:1 předkladatelem Masarykův onkologický ústav |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|