Jednoduché vyhledávání

Zpět na hledáníIAA400040901 - Značení DNA redoxními markery pro elektrochemickou detekci. Aplikace v analýze nukleotidových sekvencí a v molekulární diagnostice. (2009-2013, AV0/IA)

Identifikační kód	IAA400040901
Důvěrnost údajů	S - Není předmětem státního či obchodního tajemství a data lze v souladu s právními předpisy poskytnout do veřejně přístupných informačních systémů včetně mezinárodních
Název projektu v původním jazyce	Značení DNA redoxními markery pro elektrochemickou detekci. Aplikace v analýze nukleotidových sekvencí a v molekulární diagnostice.
Název projektu anglicky	DNA labeling with redox markers for electrochemical sensing. Applications in analysis of nucleotide sequences and molecular diagnostics
Poskytovatel	AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR )
Program	IA - Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR  (1991 - 2013)
Kategorie VaV	ZV - Základní výzkum
Hlavní obor - skupina	C - Chemie
Hlavní obor	CG - Elektrochemie
Vedlejší obor	CC - Organická chemie
Další vedlejší obor	EB - Genetika a molekulární biologie
Zahájení řešení	01.01.2009
Ukončení řešení	31.12.2013
Datum posledního uvolnění účelové podpory	27.02.2013
Číslo smlouvy	IAA400040901
Poslední stav řešení	U - Ukončený (rok ukončení projektu < rok sběru dat, v roce sběru dat již není financován ze SR)
Kčtis. Kč ** Finance projektu 2009 2010 2011 2012 2013 celkem Výše podpory z národních zdrojů 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 9 985 000,009985 Výše podpory z veřej. zahraničních zdrojů *** 0,000 0,000 0,000 0,000 0,000 0,000 Celkové uznané náklady 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 9 985 000,009985 Typ čerpané čerpané čerpané čerpané čerpané ** Finance v tisících Kč jsou automaticky zaokrouhleny z částky v jednotkách Kč s přesností na 2 desetinná místa *** Výše podpory z veřejných zahraničních zdrojů je sledována od období sběru 2020
Zobrazit skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů » Skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů 2009 2010 2011 2012 2013 celkem Finance 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 1 997 000,001997 9 985 000,009985
Druh soutěže	VS - Veřejná soutěž
Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích	SAV02009-A - Veřejná soutěž (AV0/IA)
Cíle řešení v původním jazyce	Projekt je zaměřen na vývoj nových technik značení DNA a jejich využití v elektrochemické analýze DNA a při konstrukci biosenzorů. Značení DNA bude založeno na (1) syntéze konjugátů nukleosid trifosfátů (modifikovaných na nukleobázi) s redox-aktivními skupinami pomocí cross-coupling reakcí ve vodném prostředí a (2) jejich inkorporaci do DNA pomocí enzymů. Bude vypracována metodika konstrukce DNA sond značených ve specifických pozicích. Budou zkoumány elektrochemické vlastnosti modifikovaných nukleotidůa nukleových kyselin a vliv struktury DNA na elektrochemické odpovědi konjugovaných značek. Na základě tohoto výzkumu budou vybrány značky a analytické postupy vhodné pro efektivní analýzu nukleotidových sekvencí, se zaměřením na aplikace v molekulární diagnostice závažných onemocnění. Značené nukleové kyseliny budou využity při vývoji nových biosenzorů.
Cíle řešení v anglickém jazyce	The aim of this project is the development of novel techniques of DNA labeling and their utilization in DNA electrochemical analysis and biosensor design. The DNA labeling will involve (1) synthesis of nucleoside triphosphate conjugates (modified at nucleobase) with redox-active moieties using aqueous cross-coupling reactions, and (2) their incorporation to DNA by enzymes. Methodology of construction of DNA probes bearing redox markers at specific positions will be developed. Electrochemical features ofthe modified nucleotides and nucleic acids, as well as the influence of DNA structure on electrochemical responses of the conjugate markers, will be studied. Based on these investigations, we will choose labels and analytical procedures suitable for efficient analysis of nucleotide sequences, with emphasis on applications in molecular diagnostics of severe diseases. The labeled nucleic acids will be used in development of novel electrochemical biosensors.
Klíčová slova v anglickém jazyce	electrochemistry; DNA; electroactive markers; modified bases; DNA polymerase; hybridization; mutation; gene expression; biosensor
Kontrolní číslo stavu projektu v letech	2009: 68874820 2010: 158817177 2011: 176591792 2012: 189262755 2013: 190464221 2014: 184658617
Datum dodání posledního záznamu o projektu	14.04.2014
Systémové označení dodávky dat	CEP14-AV0-IA-U/01:1

Účastníci projektu

Počet příjemců	0
Počet dalších účastníků projektu	2

Další účastník projektu	Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Další účastník projektu	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Kčtis. Kč **

Finance účastníků projektuPoznámka: Finance účastníků projektu jsou sledovány od roku 2007, investiční prostředky od roku 2013, prostředky ze zahraničních zdrojů od roku 2020

Celkové uznané náklady	2009	2010	2011	2012	2013
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799

Výše podpory z národních zdrojů	2009	2010	2011	2012	2013
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799

Výše podpory z veřejných zahraničních zdrojů	2009	2010	2011	2012	2013
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000

Investiční prostředky z podpory ze státního rozpočtu na účastníka v daném roce	2009	2010	2011	2012	2013
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000

Zobrazit skutečně čerpané prostředky z národních zdrojů na účastníka »

Skutečně čerpané prostředky z národních zdrojů na účastníka během jednotlivých let	2009	2010	2011	2012	2013
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198	1 198 000,001198
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799	799 000,00799

Výsledky projektu v RIV

Počet výsledků projektu v RIV celkem	27
Výsledek druhu D	RIV/00216224:14310/09:00028530 - Monitoring of in vitro DNA synthesis and PCR amplification using 7-deaza-purines as electroactive markers (2009)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/09:00324504 - Base-modified DNA labeled by [Ru(bpy)3]2+ and [Os(bpy)3]2+ complexes: construction by polymerase incorporation of modified nucleoside triphosphates, electrochemical and luminescent properties, and applications (2009)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/09:00328740 - Tetrathiafulvalene-labelled nucleosides and nucleoside triphosphates. Synthesis, electrochemistry and scope of their polymerase incorporation into DNA (2009)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/11:00360998 - Alkylsulfanylphenyl derivatives of cytosine and 7-deazaadenine nucleosides, nucleotides and nucleoside triphosphates. Synthesis, polymerase incorporation to DNA and electrochemical study (2011)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/11:00368112 - Nucleobase modification as redox DNA labelling for electrochemical detection (2011)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/11:00369208 - Anthraquinone as a Redox Label for DNA: Synthesis, Enzymatic Incorporation, and Electrochemistry of Anthraquinone-Modified Nucleosides, Nucleotides, and DNA (2011)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/11:00370535 - Redox labels and indicators based on transition metals and organic electroactive moieties for electrochemical nucleic acids sensing (2011)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/11:00370713 - Tail-labelling of DNA probes using modified deoxynucleotide triphosphates and terminal deoxynucleotidyl tranferase. Application in electrochemical DNA hybridization and protein-DNA binding assays (2011)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/12:00382138 - Synthesis of Hydrazone-Modified Nucleotides and Their Polymerase Incorporation onto DNA for Redox Labeling (2012)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/13:00399797 - Benzofurazane as a New Redox Label for Electrochemical Detection of DNA: Towards Multipotential Redox Coding of DNA Bases (2013)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/13:00420905 - Aqueous Heck Cross-Coupling Preparation of Acrylate-Modified Nucleotides and Nucleoside Triphosphates for Polymerase Synthesis of Acrylate-Labeled DNA (2013)
Výsledek druhu J	RIV/61388963:_____/14:00429705 - Příprava DNA s modifikovanými bázemi enzymatickou inkorporací modifikovaných nukleosid-trifosfátů (2014)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/09:00324504 - Base-modified DNA labeled by [Ru(bpy)3]2+ and [Os(bpy)3]2+ complexes: construction by polymerase incorporation of modified nucleoside triphosphates, electrochemical and luminescent properties, and applications (2009)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/09:00328740 - Tetrathiafulvalene-labelled nucleosides and nucleoside triphosphates. Synthesis, electrochemistry and scope of their polymerase incorporation into DNA (2009)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/09:00330292 - Detection of single nucleotide polymorphisms in p53 mutation hotspots and expression of mutant p53 in human cell lines using an enzyme-linked electrochemical assay (2009)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/10:00346582 - Direct voltammetric analysis of DNA modified with enzymatically incorporated 7-deazapurines (2010)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00360998 - Alkylsulfanylphenyl derivatives of cytosine and 7-deazaadenine nucleosides, nucleotides and nucleoside triphosphates. Synthesis, polymerase incorporation to DNA and electrochemical study (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00368112 - Nucleobase modification as redox DNA labelling for electrochemical detection (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00369208 - Anthraquinone as a Redox Label for DNA: Synthesis, Enzymatic Incorporation, and Electrochemistry of Anthraquinone-Modified Nucleosides, Nucleotides, and DNA (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00370535 - Redox labels and indicators based on transition metals and organic electroactive moieties for electrochemical nucleic acids sensing (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00370536 - Osmium tetroxide complexes as versatile tools for structure probing and electrochemical analysis of biopolymers (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/11:00370713 - Tail-labelling of DNA probes using modified deoxynucleotide triphosphates and terminal deoxynucleotidyl tranferase. Application in electrochemical DNA hybridization and protein-DNA binding assays (2011)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/12:00382138 - Synthesis of Hydrazone-Modified Nucleotides and Their Polymerase Incorporation onto DNA for Redox Labeling (2012)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/13:00399797 - Benzofurazane as a New Redox Label for Electrochemical Detection of DNA: Towards Multipotential Redox Coding of DNA Bases (2013)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/13:00420905 - Aqueous Heck Cross-Coupling Preparation of Acrylate-Modified Nucleotides and Nucleoside Triphosphates for Polymerase Synthesis of Acrylate-Labeled DNA (2013)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/14:00431757 - Enzyme-linked electrochemical DNA ligation assay using magnetic beads (2014)
Výsledek druhu J	RIV/68081707:_____/14:00435469 - Electrochemical detection of DNA binding by tumor suppressor p53 protein using osmium-labeled oligonucleotide probes and catalytic hydrogen evolution at the mercury electrode (2014)

Hodnocení dokončeného projektu

Hodnocení výsledků	V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků řešení česky	Byla vypracována metodika redoxního značení DNA založená na syntéze modifikovaných dNTP a jejich enzymatické inkorporaci. Byla optimalizována elektrochemická analýza značené DNA a navrženy nové metody pro analýzu DNA sekvencí a interakcí s proteiny.