| Identifikační kód |
GJ19-06479Y |
| Důvěrnost údajů |
S - Není předmětem státního či obchodního tajemství a data lze v souladu s právními předpisy poskytnout do veřejně přístupných
informačních systémů včetně mezinárodních |
| Název projektu v původním jazyce |
Struktura a dynamika peptidového tunelu v ribozomu |
| Název projektu anglicky |
Structure and dynamics of the ribosome exit tunnel |
| Poskytovatel |
GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Program |
GJ - Juniorské granty (2015 - 2025) |
| Kategorie VaV |
ZV - Základní výzkum |
| Hlavní vědní obor |
10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Vedlejší vědní obor |
- |
| Další vedlejší vědní obor |
- |
| Zahájení řešení |
01.01.2019 |
| Ukončení řešení |
31.12.2023 |
| Datum posledního uvolnění účelové podpory |
12.05.2021 |
| Číslo smlouvy |
19-06479Y |
| Poslední stav řešení |
O - Ukončený projekt s odloženým hodnocením, který byl ukončen v roce předcházejícím roku sběru dat, uvádí se údaje o projektu za poslední rok řešení, dodávají se údaje pro ukončené a zastavené projekty (relevantní pouze pro typ programu G – grantový program) |
| Finance projektu | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 | 2023 | celkem |
|---|
| Výše podpory z národních zdrojů | 1 098 000,001098 | 1 212 000,001212 | 1 301 000,001301 | 0,000 | 0,000 | 3 611 000,003611 | | Výše podpory z veřej. zahraničních zdrojů *** | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | | Celkové uznané náklady | 1 098 000,001098 | 1 212 000,001212 | 1 301 000,001301 | 0,000 | 0,000 | 3 611 000,003611 | | Typ | čerpané | čerpané | čerpané | - | - | |
** Finance v tisících Kč jsou automaticky zaokrouhleny z částky v jednotkách Kč s přesností na 2 desetinná místa
*** Výše podpory z veřejných zahraničních zdrojů je sledována od období sběru 2020 |
|
Zobrazit skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů »
| Skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 | 2023 | celkem |
|---|
| Finance | 1 098 000,001098 | 1 212 000,001212 | 1 301 000,001301 | 0,000 | 0,000 | 3 611 000,003611 |
|
| Druh soutěže |
VS - Veřejná soutěž |
| Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích |
SGA0201900002 - Veřejná soutěž (GA0/GJ) |
| Cíle řešení v původním jazyce |
Ribozom je velký biomolekulový komplex, který katalyzuje vznik peptidových vazeb mezi aminokyselinami. Produkuje drtivou většinu proteinů v živých organizmech v procesu zvaném translace. Aktivní místo ribozomu se nachází uvnitř jeho velké podjednotky. Protein ve stavu zrodu opouští ribozom skrz tunel, jehož stěny jsou tvořeny ribozomální RNA a třemi ribozomálními proteiny. Jejich přesná funkce není známa. Protože části těchto tří proteinů sahají z tunelu až na povrch ribozomu, předpokládá se, že alostericky zprostředkovávají informace o proteinu ve stavu zrodu směrem do cytosolu. Předkládaný projekt je zaměřen na dynamiku proteinových částí tunelu a jejího vztahu k obsahu tunelu. Pomocí masivních molekulárních simulací a analýz strukturních databází budeme studovat přenos alosterického signálu na povrch ribozomu a vliv proteinu ve stavu zrodu na dynamiku proteinových částí tunelu. Hlavním výsledkem projektu bude popis těchto jevů na atomární úrovní prezentovaný písemně v přibližně 5 recenzovaných článcích a ústně na národních a mezinárodních konferencích. |
| Cíle řešení v anglickém jazyce |
The ribosome is a huge biomolecular complex, which catalyzes peptide bond formation between amino acids. This way, a vast majority of proteins in living organisms is produced. The catalytic site is buried deep in the large ribosomal subunit. Hence, the newly synthesized protein - the nascent chain - leaves the ribosome through a tunnel. The tunnel walls are made of ribosomal RNA and three ribosomal proteins. The exact role of the proteins remains elusive. However, because parts of the proteins reach the ribosome surface, it is presumed that they allosterically transfer information from the tunnel towards cytosol. The proposed project is focused on the three tunnel proteins. By means of large-scale molecular simulations and database analyses, we will study the allosteric signal and the role of nascent chain in the tunnel-protein dynamics. The main outcome of the project will be the description of these phenomena at atomic level presented in a written form in about 5 peer-reviewed articles, and orally on national and international conferences. |
| Klíčová slova v anglickém jazyce |
ribosome;protein synthesis;computer simulations;molecular dynamics;allostery;protein folding |
| Kontrolní číslo stavu projektu v letech |
2019: 190700538 ( v1.0 )
2020: 190707125 ( v1.0 )
2021: 190720260 ( v1.0 )
2022: 190729948 ( v1.0 ) |
| Datum dodání posledního záznamu o projektu |
21.02.2022 |
| Systémové označení dodávky dat |
CEP22-GA0-GJ-R |