| Identifikační kód |
GF22-41060L |
| Důvěrnost údajů |
S - Není předmětem státního či obchodního tajemství a data lze v souladu s právními předpisy poskytnout do veřejně přístupných
informačních systémů včetně mezinárodních |
| Název projektu v původním jazyce |
Studium vlivu endogenních virů na biologii hostitele: kombinovaná výpočetní a experimentální strategie |
| Název projektu anglicky |
Understanding the impact of endogenous viruses on host biology: a combined computational and experimental strategy |
| Poskytovatel |
GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Program |
GF - Mezinárodní grantové projekty hodnocené na principu LEAD Agency (2015 - 2030) |
| Kategorie VaV |
ZV - Základní výzkum |
| Hlavní vědní obor |
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology |
| Vedlejší vědní obor |
- |
| Další vedlejší vědní obor |
- |
| Zahájení řešení |
01.07.2022 |
| Ukončení řešení |
31.12.2025 |
| Datum posledního uvolnění účelové podpory |
05.05.2023 |
| Číslo smlouvy |
22-41060L |
| Poslední stav řešení |
B - Běžící (rok zahájení projektu < rok sběru dat, rok ukončení projektu > rok sběru dat, alespoň po část roku sběru dat čerpá
finanční prostředky ze SR) |
| Finance projektu | 2021 | 2022 | 2023 | 2024 | 2025 | celkem |
|---|
| Výše podpory z národních zdrojů | 0,000 | 606 000,00606 | 1 212 000,001212 | 1 212 000,001212 | 606 000,00606 | 3 636 000,003636 | | Výše podpory z veřej. zahraničních zdrojů *** | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | 0,000 | | Celkové uznané náklady | 0,000 | 606 000,00606 | 1 212 000,001212 | 1 212 000,001212 | 606 000,00606 | 3 636 000,003636 | | Typ | - | čerpané | čerpané | přidělené | plánované | |
** Finance v tisících Kč jsou automaticky zaokrouhleny z částky v jednotkách Kč s přesností na 2 desetinná místa
*** Výše podpory z veřejných zahraničních zdrojů je sledována od období sběru 2020 |
|
Zobrazit skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů »
| Skutečně čerpané finance projektu z národních zdrojů | 2021 | 2022 | 2023 | 2024 | 2025 | celkem |
|---|
| Finance | 0,000 | 606 000,00606 | 1 212 000,001212 | 0,000 | 0,000 | 1 818 000,001818 |
|
| Druh soutěže |
M2 - Dvoustranná dohoda o mezinárodní spolupráci |
| Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích |
- |
| Cíle řešení v původním jazyce |
Hlavním cílem projektu je objasnit vliv endogenních virů (ERV) na biologii hostitele pomocí
kombinované výpočetní a experimentální strategie. Komplexní databázi HERVd použijeme k
identifikaci funkčně relevantních ERV pomocí tří alternativních přístupů. Nejprve použijeme
testy neutrality k vyhledávání lidských ERV, které jsou pod pozitivním nebo negativním
selekčním tlakem na základě DNA variant v mnoha lidských populacích. Za druhé, použijeme
údaje o prezentaci antigenu k nalezení lokusů ERV, které jsou pod negativní imunitní selekcí
thymocytů. Za třetí použijeme srovnávací genomické přístupy k hledání lokusů ERV
konzervovaných mezi různými druhy. Potenciálně významné lokusy ERV identifikované tímto
širokým bioinformatickým přístupem budou transkripčně aktivovány a potlačeny pomocí
technologie CRISPRi /a. RNA-Seq analýzou identifikujeme ovlivněné geny a molekulární sítě.
Tyto kandidátní geny budou modulovány CRISPR v pluripotentních kmenových buňkách a
jejich funkční role bude zkoumána technikami molekulární biologie. |
| Cíle řešení v anglickém jazyce |
The main goal of the project is to shed light on the impact of endogenous viruses (ERVs) on the
host biology using a combined computational and experimental strategy. We will use the
comprehensive HERVd database to identify functionally relevant ERVs by three alternative
approaches. First, we will apply neutrality tests to search for human ERVs which are under
positive or negative selection pressure based on the variation data across many human
populations. Second, we will use data on antigen presentation to find ERV loci that are under
negative immune selection of thymocytes. Third, we will apply comparative genomics
approaches to search for conserved ERV loci among different species. Candidate ERV loci
identified by these multifarious bioinformatics approaches will be transcriptionally activated and
repressed using the CRISPRi/a technology. By RNA-Seq analyses we will identify affected
genes and molecular networks. The identified candidate genes will be modulated by CRISPR in
pluripotent stem cells and their functional role will be investigated by molecular biological
techniques. |
| Klíčová slova v anglickém jazyce |
endogenous retrovirus;HERV;homo sapiens;mus musculus;CRISPR |
| Kontrolní číslo stavu projektu v letech |
2022: 190739588 ( v2.0 )
2023: 190743360 ( v1.0 )
2024: 190752861 ( v1.0 ) |
| Datum dodání posledního záznamu o projektu |
19.02.2024 |
| Systémové označení dodávky dat |
CEP24-GA0-GF-R |