Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216208:11160/22:10458593 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Homology Modeling, Molecular Docking, Molecular Dynamic Simulation, and Drug-Likeness of the Modified Alpha-Mangostin against the beta-Tubulin Protein of Acanthamoeba Keratitis |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 30104 - Pharmacology and pharmacy |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Acanthamoeba species are capable of causing amoebic keratitis (AK). As a monotherapy, alpha-mangostin is effective for the treatment of AK; however, its bioavailability is quite poor. Moreover, the efficacy of therapy is contingent on the parasite and virulent strains. To improve readiness against AK, it is necessary to find other derivatives with accurate target identification. Beta-tubulin (BT) has been used as a target for anti-Acanthamoeba (A. keratitis). In this work, therefore, a model of the BT protein of A. keratitis was constructed by homology modeling utilizing the amino acid sequence from NCBI (GenBank: JQ417907.1). Ramachandran Plot was responsible for validating the protein PDB. The verified BT PDB was used for docking with the specified ligand. Based on an improved docking score compared to alpha-mangostin (AM), two modified compounds were identified: 1,6-dihydroxy-7-methoxy-2,8-bis(3-methylbut-2-en-1-yl)-9H-xanthen-9-one (C1) and 1,6-dihydroxy-2,8-bis(3-methylbut-2-en-1-yl)-9H-xanthen-9-one (C2). In addition, molecular dynamics simulations were conducted to analyze the interaction characteristics of the two bound BT-new compound complexes. During simulations, the TRP9, ARG50, VAL52, and GLN122 residues of BT-C1 that align to the identical residues in BT-AM generate consistent hydrogen bond interactions with 0-3 and 0-2. However, the BT-C2 complex has a different binding site, TYR 258, ILE 281, and SER 302, and can form more hydrogen bonds in the range 0-4. Therefore, this study reveals that C1 and C2 inhibit BT as an additive or synergistic effect; however, further in vitro and in vivo studies are needed. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | pharmacokinetics;synergistic effect;additive effect;Acanthamoeba keratitis;beta-tubulin |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=Q3e.Kk1U9y |
| DOI výsledku | 10.3390/molecules27196338 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Molecules |
|---|---|
| ISSN | 1420-3049 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 27 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 19 |
| Stát vydavatele periodika | CH - Švýcarská konfederace |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | 6338 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000867031700001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85139935107 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Informace o všech výskytech výsledku v rámci detailu výsledku
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216208:11160/22:10458593 v dodávce dat RIV23-MSM-11160___ předkladatelem Univerzita Karlova / Farmaceutická fakulta v Hradci Králové |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|